2004年8月，鹿基醫院創立於鹿港鎮，以滿足濱海鹿港地區以及鄰近鄉鎮對急診醫療照護的需求，並對社區民眾提供完善的醫療服務；2006年9月變更為財團法人彰化基督教醫院鹿基分院；2013年5月院名變更為彰化基督教醫療財團法人鹿港基督教醫院。2018年1月合併鹿東基督教醫院(2008年創立)為鹿港基督教醫院長青院區。 鹿港基督教醫院各大樓及院區，包括鹿基醫療大樓、門診醫療大樓、路加醫療大樓，以及長青院區（鹿港鎮鹿東路）。
鹿基醫療大樓位在鹿港鎮中正路480號，1樓設有急診，2樓為門診區，看診科別有腸胃肝膽科、胸腔內科、耳鼻喉暨頭頸部科、身心科、神經內科；5樓婦幼門診區，科別有婦產科、小兒科、乳房外科、一般外科。同時，產房、嬰兒室、手術室、加護病房、病房，均設置於鹿基大樓。
門診醫療大樓於2019年1月30日辦理定基感恩禮拜，2021年1月落成啟用，並在1月14日舉行落成啟用感恩禮拜暨剪綵典禮。門診醫療大樓位置就在鹿基醫院的正後方，為地上3層、地下2層的綠建築，樓層整合科別資源及設備，提供一站式服務，使民眾就醫更為便利、舒適。各醫療科別及服務項目分別為：地下1樓：皮膚科。1樓：一般外科、胸腔外科、骨科、神經外科、心臟血管外科、大腸直腸外科。2樓：眼科、內分泌新陳代謝科、血液腫瘤科、過敏免疫風濕科、家醫科、心臟科。3樓：腎臟內科、泌尿外科、健康檢查科。
路加醫療大樓，前臨鹿港鎮永安二路，後接安福街，與鹿基醫療大樓、門診醫療大樓相近；佔地面積約3,500平方公尺，總樓地板面積17,522平方公尺，為地上7層、地下3層的綠建築醫療大樓。於2017年7月定基興建，2020年3月完工試營運，同年7月3日舉行落成啟用感恩禮拜暨剪綵典禮，各醫療科別及服務項目有：牙科、中醫科、復健醫學科、放射腫瘤科、頭頸部腫瘤科，配置復健治療中心、放射治療室、血液透析中心、護理之家。其中，放射腫瘤科引進全新旗艦全能型Versa HD直線加速器，提供更精準、高效、安全的腫瘤放射治療。
長青院區除秉承鹿東基督教醫院2008年創立以來，照護弱勢精神科病人之使命，並增加鹿基醫療團隊至長青院區會診病人服務。 另面對老年人口醫療需求增加，長青院區進一步確立，以精神、神經、復健醫學為發展主軸，擴充醫療與照護能量，為銀髮族提供更具完整性、可近性與便利性的醫療服務。長青院區除增設復健治療中心，且續於2020年1月啟用牙科治療室、肺癌篩檢站-CT(電腦斷層)檢查室。針對年長者長期照護推展，亦已設有社區失智症關懷據點、長照C據點，逐步實現「銀髮養生到長青，顧咱健康免操心」的目標。
長青院區門診設有精神科、兒童心智科、老人身心科、神經內科、復健醫學科、家醫科，並開設記憶及老人失智症門診、睡眠特診、戒癮特診、青少年成癮諮詢門診、心理治療與諮商。專業醫療團隊運用睡眠檢查室、生理回饋治療室、心理衡鑑室、復健中心等各種設備及空間，為病人進行完善的評估診斷及治療，促進病人身心健康；同時針對憂鬱症患者，提供非侵入性、非藥物的rTMS(重複經顱磁刺激治療)新選擇。長青院區設有急性精神病床、慢性精神病床，以及精神科日間病房，且配置各種職能治療的設備與空間，讓病人融入生活與工作，為康復重返社區，做好準備；所建構的社區照護體系心理健康服務網絡，涵蓋面完整，是優質的心理衛生醫療單位。
鹿港基督教醫院通過衛生福利部「中度級急救責任醫院」評定，持續致力於緊急醫療處置能力與品質的提升，而且與「重度級急救責任醫院」彰基醫學中心，建立密切及迅速的轉診機制，保障急重症病患獲得最佳的醫療處置和照護。
隨著老年人口的逐年增加，醫院扮演社區長者健康守護者的角色，提供在地高齡者完善的慢性病整合照護的服務，是糖尿病照護品質標竿楷模醫院、國際骨質疏鬆基金會骨折聯合照護服務(FLS)認證醫院。
同時，醫院推動健康促進計畫各項成效，獲得衛生福利部國民健康署肯定，在2015年獲健康促進醫院典範獎表揚。在推動醫院智能化的努力上，數位化門診插卡報到系統，提高門診報到的便利性及看診隱私，批價櫃台觸控式取號機、檢驗課智能叫號報到系統，則提供病人分流服務；另透過自助式掛號機、自助繳費機、APP慢箋預約領藥及看診進度查詢，可大幅縮短民眾等候的時間。
作為彰基醫療體系的一員，鹿港基督教醫院暨長青院區努力將醫學中心的醫療服務品質，延伸至鹿港地區及週邊鄉鎮，共同為社區居民促進健康、維護健康、恢復健康而用心和努力，積極朝向「提供安全的服務，守護大鹿港地區民眾健康」的願景邁進。