彰基醫學中心總共有6家體系分院，每個月我必須前往各體系分院跟當地同工開會，一方面了解各分院概況，另一方面傳遞總院政策方向等訊息；這段交通路程串起彰基醫學中心跟體系分院的緊密連結，也反應了體系營運中心的角色定位。
彰基醫學中心以醫療服務為主，但隨著衛生政策、健保制度、經營環境甚至是疫情的衝擊，除了醫護是醫院關鍵核心，經營管理的角色如同一隻看不見的手，協助醫院複雜的醫療發展。彰基經營管理非以營利為目的，仍是本著醫院的宗旨及任務謙卑服務；而體系營運中心為幕僚單位，編制有科務績效中心與體系發展中心，科務績效中心又包含醫務管理課及醫務行政課。整個體系營運中心專責依照董事會、院長室指示，衡量對醫院的效益，傳遞訊息、溝通協調並協助醫療科、體系分院朝醫院短中長期目標邁進。
建構系統化指標‧精準決策管理
為精進醫療管理策略，於彰基總院與各體系分院導入各項策略規劃管理模式，系統性思考擬定方針，幫助各院區因地制宜發展出符合當地民眾需求之服務。
特別是2012年建立年度計畫資訊管理系統，2016年建置「院長室專區」目視化管理儀表板，各項關鍵指標責任部門明確「當責」管理，展現高效執行力。2010年開發體系經營指標管理系統(Performance Point System, PPS)，建置多維度分析資料庫。體系院區具有一致性的指標定義、一致性的資料呈現，讓組織內部具一致性認知的觀點；2015年導入商業智慧模組(Business Intelligence Module)，提升資訊與報表管理的作業效率，並透過商業智慧系統建置動態視覺網頁平台，將模組設置於網路雲端，讓資訊更透明化，有效的提供決策參考。
醫務管理課‧訊息傳遞溝通協調
醫務管理課在醫院整體經營方面協助健保及衛生政策評估因應及執行、經營環境分析及策略規劃、醫院重大計畫推動及執行；醫療科經營方面協助科經營分析、醫療發展協助、設備購置評估及效益追蹤、醫事單位績效獎金設計等；為能展現醫院醫療成果，亦協助醫療科行銷，向民眾介紹本院卓越的醫療能力。科管理師需具備良好邏輯思考、溝通協調、分析評估及統整能力，擔任醫院經營團隊及醫療科的橋梁，串連起醫院的運行，如同醫院經營是人的大腦，訊息傳達需通過神經血管直達各器官，維持人體平衡協調及良好運作。
醫務行政課‧輔助各科運作發展
醫務行政課秘書如同醫療科管家，醫療科之大小事，舉凡對外擔任窗口，建立雙方之聯繫網絡，對內受理各單位呈報醫療科及主管之工作事項，擔任溝通與協調管道，輔助醫療科完成相關交辦業務推動及院方政策宣導之執行；於各式研討會或活動舉辦方面，運籌帷幄、協助統籌規劃並執行推展，提升醫療科於全國之能見度及影響力；負責專科醫師訓練醫院評鑑資料提報及實地訪查作業；於日常庶務工作面，綜理科務、住院醫師教學、各項文書申請核備作業、法院鑑定、檔案管理與醫師疑難雜症處理等工作，使醫療科能常軌運作發展。
鋼骨和鐵條可成為一股堅固的力量，但要靠螺絲釘才能把所有力量連接在一起，成就各項專業。若專業醫師是鋼骨鐵條，科秘書即是小小的螺絲釘，時刻發揮輔助力量，讓醫師能無後顧之憂，專心於臨床、教學與研究等發展。
體系發展中心‧ 跨院推動事工
體系發展中心擔任彰基體系醫院的幕僚，推動體系事工。協助衛生醫療政策資料收集分析，建立維護體系院區管理工作制度、協助推動體系院區年度事工，包含發展策略管理及工作計畫推動與追蹤、預算制度、跨院區作業等，透過每季體系策略規劃小組、每月體系處長會議、院區月工作報告等掌握體系各項事工發展規劃及進度。
另外，為發揚耶穌基督救世博愛之精神，回應醫療資源不足地區的需求，本院由體系發展中心協助推展與彰化道周醫院、南投埔里基督教醫院、屏東輔英醫院、恆春基督教醫院、台東基督教醫院的策略聯盟合作，提供醫療服務支援、技術指導、專業諮詢、教育訓練及業務協助等。
深根建造‧謙卑服事
彰基是基督教醫院，125年來承繼傳教師們醫療宣教的精神「深根建造‧謙卑服事」，雖然面臨健保政策調整、同儕競爭、疫情嚴峻、體系經營等挑戰，但最終我們還是需要回歸「以基督的心為心」，牢記醫院當初設置的目的，不忘初衷以洗腳精神學習耶穌基督的愛。
體系營運中心每日早上都有晨更時間，雖然單位內並非所有同工都是基督徒，但是藉著晨更時間，詩歌歡唱、經文朗讀、同工們彼此分享，使彰基精神成為同工們每日工作的力量，也使神的智慧幫助同工成為稱職的好管家。
「因為你們立志行事都是神在你們心裡運行，為要成就祂的美意。」(腓立比書2:13)
體系營運中心處長 陳富滿