南基之前身為南雲醫院，創立於民國76年，84年遷院至現址，88年增建完成，隔年立即遭遇921大地震，當晚南投市只剩本院能屹立運作。正當南投居民慢慢走出災痛期時，民國90年再遭遇桃芝颱風無情肆虐，再度重創南投縣，南雲因有了921經驗，於風災後立即隨著中央腳步，挺進山區投入醫療資源。民國92年再度碰到SARS，南雲就在通過幾番災難考驗後，在上帝安排的因緣際會下，成為彰基的合作體系醫院，且更名為「南基醫院」，合作期間歷經張宏基院長、楊力衡院長、蔡松彥院長以及陳新耀院長，在歷任院長努力經營下，南基逐步成長茁壯，秉持著「走入社區，在地南基」的經營理念服務鄉里。
108年10月，南基正式改制成為彰基的南投分院，在彰基總院及董事會大刀闊斧的挹注更多的醫療資源進駐南基，109年1月，我懷著戒慎恐懼，臨淵履薄的心接下院長這個職位，感謝這一路來長官的器重，以及南基上下親如家人的同工，接任至今醫院的運作，單位間的配合都能順暢。教會醫院在醫療、傳播福音、照顧弱勢都是我們基督教醫院的天職，而南基地處偏鄉及原鄉，更是需要耶穌基督傳播愛的地方。目前南投縣平均800位民眾才有一位醫師，反觀台灣其他縣市平均250到300位民眾就有一位醫師，比例上是懸殊的，所以南基自覺肩負強大的使命感，驅使著有些事工勢在必行。
組織企業常常用平衡計分卡的概念來計劃及推動事務，其中有五個構面，學習成長構面、內部流程構面、顧客構面、財務構面、以及社會承諾構面，我們很重視社會承諾這構面，本院不惜巨資，引進不需麻醉的體外震波碎石機，於109年6月正式啟用，讓南投鄉親不必舟車勞頓，就能接受最先進醫學中心級的醫療。此外，受限於醫院空間限制，感謝彰基總院及員林基督教醫院院長、副院長、醫療長、處長到各部長及各科主任的幫忙，讓南基能在有限的空間中，增加每個月60多節門診，多元的科別進駐，雖然南基只是地區醫院，卻有醫學中心的服務，就是體現我們對南投縣民的承諾。如同引用以下兩段聖經中的章節，以南基來講，是體系中相對小的分院，我們接受了總院及體系院區的關懷，讓我們沒有後顧之憂，同樣南投的弟兄姊妹也是我們應該關懷的，所以這正是一個正能量的傳遞！
君王便回答他們說：我實在告訴你們：凡你們對我這些最小兄弟中的一個所做的，就是對我做的。馬太福音二十五章40
我是你們的主，你們的夫子，尚且洗你們的腳，你們也當彼此洗腳。約翰福音十三章13
最近讀到台大EMBA學院院長郭瑞祥教授的文章，他是虔誠的基督徒，書名是《人生第二曲線》，強調人生都會由盛而衰，在親子、友誼、專業、領導、價值、愛都可以適用，如果在成長過程遇到瓶頸時，打底充實再出發，就會化險為夷，如同過去一個企業可能經歷40年後，才會遇到衰退期，現在快速轉變的年代，可能是14年，就會遇到衰退期，甚至更快，在醫療服務業務上，如果沒有精進，沒有去審視衰退的原因，就可能被取代甚或消失。在醫療上，醫療的日新月異，新知識新技術不斷的創新，醫院間的競爭及民眾的進步，如果我們醫院同工沒有與時俱進，當然會被淘汰；在服務態度上，流程細節上也要注意，如果空有高端技術，沒有好的EQ，團隊上的互動流程上不到位，也不會得到病人及家屬的認同；我們基督教醫院有信仰靈性上的支持，相信在遇過困境的時候，更有力量走下去，人的終點，就是神的起點，凡事相信，凡事信靠，再大的難關，都可以突破！
最後引用創世紀摩西出埃及記的內容，西元前1446年，猶太人因為被埃及王拉姆西斯二世的迫害，而由摩西帶領猶太人離開埃及，前往迦南地，最後約書亞及迦勒帶領猶太人進入流奶與蜜之地，以現今google 導航看來，走路只要11天，他們卻花了40年才走到，如同南基民國76年到88年，當初921地震，是當時南投市唯一能運作的醫院，是當時鄉親的依靠，這是南基的第一曲線；民國92年與彰基合作，到民國108年10月，又是另一曲線；所以我鼓勵全院同工上下一條心，要告別過去的南基，迎向更卓越的南基，我們的摩西，我們的約書亞，是我們彰基體系的精神，我們有明確的目標，有足夠的奧援，相信不會像出埃及記如此悲壯，這個蛻變指日可待。過去南基曾經有一些風光的過去，南基也會因彰基總院及董事會的領導統御，而更發揚光大。
最後我以兩句話勉勵南基員工：今日南基以你為榮、明日你以南基為榮！我們一起加油。
南投基督教醫院院長 鄭均洹醫師